中走絲線切割機床由于純水基工作液導電率較高，所以在切割過程中具有較強的電解作用，雖然切割出的工件表面十分均勻，但工件表面因為電解作用將導致色澤較暗，這種現象在多次切割時體現的更加明顯；
1.純水基工作液因為沒有油性成分，所以一旦揮發后其切割的蝕除產物就粘接在工作臺上和導輪周圍，清理困難，嚴重時甚至會將導輪抱死，一旦運絲后電極絲與導輪將產生滑動摩擦導致導輪精度喪失而報廢；
2.水基工作液因為具有較強的堿性，長期使用會使得機床油漆面起泡和褪色；
3.水基工作液必須嚴格控制稀釋比例，否則極易銹蝕機床和工件；
4.水基工作液揮發性較強，同時由于組分的問題，一般在切割過程中都會散發出一些異味。
目前市面上有線切割專用乳化液、固體乳化皂、復合工作液等，選擇好的工作液對加工的質量起到相當大的做用。